まず、通信方法なのですがI2Cが使用されています。ですので、スーパーファミコンなどと比べてだいぶ扱い易くなっています。
参考までに以前調査したものです。
スーパーファミコンコントローラの解析 - ハードウェアとか研究所
スーパーファミコンはほぼ独自規格のようなものだったのですが、I2Cであれば既存のマイコンなどでも簡単に扱えます。
コネクタについては以下のページが参考になります。
Wiimote/Extension Controllers - WiiBrew
コネクタには6端子ありますが、1端子が未使用なので使用しているのは実際には5端子です
信号線についてはこちら。
「ミニファミコン」で大きなコントローラーも使えるように改造してみました（ウェブ情報実験室） - Engadget 日本版
上記のページではファミコンクラッシクミニを改造して、クラシックコントローラを接続しています（デフォルトのコントローラが小さいので）。つまり、Wiiなどで使用できるクラシックコントローラで使用されている通信方法とファミコンクラシックミニのコントローラの通信方法は同じだということみたいです（よくよく考えれば当然か）。さらに「NES Classic Edition」のコントローラも同じだということは想像するに易いです。
今回使用した延長ケーブルの中の線には色がついているのですが、参考にしたページと同じでした。以下に載せておきます。
- 黄緑色
→ GND - ピンク色
→ VCC（電源）3.3V - 水色
→ SDA（I2Cデータライン） - 白色
→ SCL（I2Cクロックライン） - 黒色
→ デバイス検出（コントローラが接続されているかどうかの検出）
